//参照元（\は\\で。画像ファイル以外も開いてしまうので注意）
root="C:\\data"
//実験データ用
inputdirectory = root+"\\#01_data";
//darkデータ用
inputdirectory2 = root+"\\#dark";
//出力先（\は\\で）
outputdirectory = inputdirectory;
outputdirectory2 = outputdirectory+"\\norm_tif";
//出力するファイル名の頭につける文字列
plus = "_sub_dark";
for (n=101; n<121; n++) { //以下のシーケンスを20セット処理する
//############## sample image ##############
for (i=1; i<7; i++) { //6個を平均化する
filename="#"+n+"_00"+i+".img"; //変数の方は自動判別するので，文字と数字が混在していてもOK
filename2="#"+n;
print(filename); //logウィンドに表示する．デバッグ時に便利
//ファイルを開く 自作IMG用のプラグインで開く ※別のTipsを参照のこと
run("OpenIMG ", "open=["+inputdirectory + "\\" + filename+"]");
}
run("Images to Stack", "name=Stack title=[] use"); //開いている画像をスタックにする
run("Z Project...",true); //最後のtrueは「はい」をクリックしろという意味 これで平均化する
selectWindow("AVG_Stack");
saveAs("Tiff", outputdirectory + "\\" + filename2); //Tif形式で保存
close("AVG_Stack"); //このタイトルの画像のWindowを閉じる
close("Stack");
close(); //今アクティブなWindowを閉じる
//############## bg image ##############
for (i=1; i<7; i++) {
filenameBG="#"+n+"_bg_00"+i+".img";
filename2BG="#"+n+"_bg";
print(filenameBG);
//ファイルを開く
run("OpenIMG ", "open=["+inputdirectory + "\\" + filenameBG+"]");
}
run("Images to Stack", "name=Stack title=[] use");
run("Z Project...",true);
selectWindow("AVG_Stack");
saveAs("Tiff", outputdirectory + "\\" + filename2BG);
close("AVG_Stack");
close("Stack");
close();
//############## 引き算と割り算 ##############
//必要なデータをもう一度開く
open(inputdirectory + "\\" + filename2+".tif");
open(inputdirectory + "\\" + filename2BG+".tif");
open(inputdirectory2 + "\\dark.tif");
//ダーク補正後，規格化してから10000を掛ける
imageCalculator("Subtract create 32-bit",
filename2+".tif","dark.tif");
imageCalculator("Subtract create 32-bit",
filename2BG+".tif","dark.tif");
imageCalculator("Divide create 32-bit", "Result of
"+filename2+".tif","Result of "+filename2BG+".tif");
run("Multiply...", "value=10000");
//最終結果をTifで保存
saveAs("Tiff", outputdirectory2 + "\\" + filename2+plus);
//画像を閉じる
close("\\dark.tif");
close(filename2+".tif");
close("Result of "+filename2+".tif");
close(filename2BG+".tif");
close("Result of "+filename2BG+".tif");
close(filename2+plus+".tif");
} |